Guia de Instalacion y Configuracion

Instalacion Basica

Desde CRAN (cuando este disponible)

install.packages("ciecl")

Desde GitHub (version desarrollo)

# Opcion 1: pak (recomendado)
install.packages("pak")
pak::pak("RodoTasso/ciecl")

# Opcion 2: devtools
install.packages("devtools")
devtools::install_github("RodoTasso/ciecl")

# Opcion 3: remotes
install.packages("remotes")
remotes::install_github("RodoTasso/ciecl")

Instalacion con Dependencias Opcionales

El paquete tiene dependencias minimas para funcionalidad core. Para habilitar todas las funcionalidades:

# Instalacion completa con todos los paquetes opcionales
pak::pak("RodoTasso/ciecl", dependencies = TRUE)

Dependencias por Funcionalidad

Funcionalidad Paquete Requerido Instalacion
Comorbilidades Charlson/Elixhauser comorbidity install.packages("comorbidity")
Tablas interactivas GT gt install.packages("gt")
API CIE-11 OMS httr2 install.packages("httr2")
Leer archivos Excel MINSAL readxl install.packages("readxl")

Requisitos del Sistema

Windows

No requiere dependencias adicionales. La instalacion funciona directamente.

macOS

Instalar Xcode Command Line Tools:

xcode-select --install

Linux (Ubuntu/Debian)

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y \
  r-base-dev \
  libcurl4-openssl-dev \
  libssl-dev \
  libxml2-dev

Linux (Fedora/RHEL/CentOS)

sudo dnf install -y \
  R-devel \
  libcurl-devel \
  openssl-devel \
  libxml2-devel

Configuracion de API CIE-11 (Opcional)

Para usar cie11_search() y acceder a la clasificacion internacional CIE-11 de la OMS, necesitas credenciales gratuitas.

Paso 1: Obtener Credenciales

  1. Visita https://icd.who.int/icdapi
  2. Registrate con tu email (proceso gratuito)
  3. Obtendras un Client ID y Client Secret

Paso 2: Guardar las credenciales

Opción A: keyring (recomendado)

El paquete keyring guarda secretos en el keychain nativo del sistema operativo (macOS Keychain, Windows Credential Store, Linux Secret Service), evitando que el Client ID y Client Secret queden en texto plano en .Renviron. Este es el patrón recomendado por rOpenSci (ver por ejemplo babeldown).

# Una sola vez: guarda "client_id:client_secret" en el keychain
keyring::key_set("ciecl_icd11")

# En cada sesión en la que uses la API
Sys.setenv(ICD_API_KEY = keyring::key_get("ciecl_icd11"))

Opción B: Archivo .Renviron

Crea o edita ~/.Renviron (por ejemplo con usethis::edit_r_environ() si tienes usethis instalado) y agrega:

ICD_API_KEY=tu_client_id:tu_client_secret

Reinicia R para que tome efecto. No subas .Renviron a Git.

Opción C: Solo en la sesión actual (temporal)

Sys.setenv(ICD_API_KEY = "tu_client_id:tu_client_secret")

Paso 3: Verificar Configuracion

# Verificar que la API key esta configurada
Sys.getenv("ICD_API_KEY")

# Probar busqueda CIE-11
library(ciecl)
cie11_search("diabetes")

Cache SQLite

El paquete usa SQLite para almacenar y buscar codigos CIE-10 de forma eficiente. La base de datos se crea automaticamente en:

# Ver ubicacion del cache
tools::R_user_dir("ciecl", "data")

Limpiar Cache

Si necesitas forzar una reconstruccion de la base de datos:

library(ciecl)
cie10_clear_cache()

Verificar Instalacion

library(ciecl)

# Verificar que el paquete carga correctamente
packageVersion("ciecl")

# Verificar acceso al dataset
nrow(cie10_cl)  # Debe retornar 39873

# Probar busqueda basica
cie_lookup("E11.0")

# Probar busqueda fuzzy
cie_search("diabetes")

Problemas Comunes

Error: “package ‘ciecl’ is not available”

Verifica que el repositorio de CRAN esté configurado en tu sesión de R y luego instala normalmente:

install.packages("ciecl")

Error de compilacion en Linux

Instala las dependencias del sistema mencionadas arriba.

API CIE-11 no funciona

  1. Verifica que httr2 esta instalado: install.packages("httr2")
  2. Verifica que la API key esta configurada: Sys.getenv("ICD_API_KEY")
  3. Verifica conexion a internet

Cache corrupto

Limpia el cache y reinicia R:

ciecl::cie10_clear_cache()